La Secretaría Municipal estará a cargo de un secretario municipal que tendrá las siguientes funciones:
a) Dirigir las actividades de secretaría administrativa del alcalde y del concejo;
b) Desempeñarse como ministro de fe en todas las actuaciones municipales, y
c) Recibir, mantener y tramitar, cuando corresponda, la declaración de Intereses establecida por la Ley Nº 18.575.
d) Llevar el registro municipal a que se refiere el artículo 6º de la ley Nº 19.418, sobre juntas de vecinos y demás Organizaciones Comunitarias.

En esta unidad están a disposición de la comunidad las Actas de Sesiones de Concejo Municipal de Mejillones.

Unidades que integran la Secretaría Municipal:

1. Oficina de partes y reclamos, tiene como objetivo mantener el flujo y control, de toda la documentación que ingresa y egresa de la municipalidad, proporcionando en forma rápida y expedita la información
que se requiera para el accionar municipal.

2. Oficina de Secretaría, Archivo y Transcripciones, que tiene como objetivo archivar y conservar la documentación oficial municipal, como tambien, confeccionar – cuando corresponda- transcribir y registrar las resoluciones alcaldicias y otros.

3. Oficina Secretaría Concejo Municipal, que tiene como función específica, atender las necesidades administrativas de los miembros del Concejo Municipal y del Concejo Económico y Social Comunal.

4. Oficina de Registro de Organizaciones Comunitarias, que tiene como función mantener los registros públicos establecidos por la Ley 19.418, sobre Juntas de Vecinos y demás Organizaciones Comunitarias y, otorgar las certificaciones que les sean solicitadas.